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Lancement de la nouvelle puce de génotypage “EuroG MD” par EuroGenomics, encore plus performante

Publié le 13 mai 2019

Lancement de la nouvelle puce de génotypage “EuroG MD” par EuroGenomics, encore plus performante
Le 30 avril dernier, EuroGenomics a annoncé le lancement de la nouvelle puce de typage EuroG MD dans tous les laboratoires de génotypages partenaires du consortium (voir communiqué de presse en anglais: http://www.eurogenomics.com/actualites/eurogenomics-new-eurog-md-beadchip.html
 
Depuis 2013, c’est la neuvième version de puces de génotypage qui voit le jour grâce à la collaboration d’EuroGenomics et des scientifiques partenaires d’EuroGenomics. 
Avec leurs homologues européens, l'INRA et l’équipe développement et innovation d’Allice ont oeuvré pour renouveler le contenu de la puce et sélectionner les marqueurs les plus pertinents. La puce EuroG_MD contient tous les marqueurs de la dernière version de puce bovine LD EuroG10k (1), complétés par des marqueurs de la puce bovine MD (2). Ainsi, tous les marqueurs utiles en sélection génomique ainsi qu’une sélection de marqueurs permettant de déterminer les statuts des anomalies génétiques et gènes d’intérêt sont présents sur cette nouvelle puce de génotypage. 
 
La puce bovine EuroG_MD permet d’analyser en routine quatre fois plus de marqueurs que la EuroG10k (~45 000 contre 10 000). Elle couvre l’ensemble des races bovines présentes en Europe (races laitières et allaitantes) avec toujours plus de fiabilité. Cette puce unique conviendra aussi bien au typage d'un embryon, au recrutement d'un veau ou d'une génisse, qu'à la mise en marché de taureaux d'insémination.
Plus performante, la EuroG MD vient non seulement remplacer la puce bovine LD (Basse Densité) mais aussi la puce bovine MD (Moyenne Densité) dans les laboratoires de génotypage. Cette augmentation du nombre de marqueurs résulte directement des efforts de mutualisation, lesquels offrent un service toujours plus performant et permettent en outre aux petites races d’accéder aux mêmes outils de génotypages que les grandes races aux mêmes tarifs.
 
Le développement de cette puce de génotypage est une initiative commune des scientifiques des centres de recherche, des entreprises de selection et des associations d’éleveurs d’EuroGenomics. Parmi les partenaires: l’université de Liège (GIGA) et CRV (Pays-Bas, Flandres en Belgique), l’université de Aarhus et Viking Genetics (Danemark, Suède, Finlande), l’INRA, ALLICE et Evolution (France), CONAFE (Espagne), l’institut de recherche national en zootechnie, MCB Krasne et la Fédération des sélectionneurs et producteurs laitiers (Pologne), le centre de calcul allemand, vit et la fédération des organismes de sélection, BRS (Allemagne), le tout coordonné par VALOGENE. EuroGenomics fournit, grâce à une population de reference partagée, les évaluations génomiques les plus précises en Europe pour plus de 9 millions de vaches laitières dans 9 pays. 
 
La puce de génotypage EuroG MD est fourni par ILLUMINA, elle est disponible sous deux technologies: Infinium XT (96 échantillons d’AND par puce) ou HTS (24 échantillons d’ADN par puce).
 
Information: Clotilde PATRY, responsable opérationnelle de la société VALOGENE, clotilde.patry@valogene.com
 
(1) Insprirée de la puce ILLUMINA BovindeLDv2.0
(2) ILLUMINA BovineSNP50v3.0